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下载sra文件脚本

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Linux下从NCBI批量下载SRA数据的sra和aspera方法_ - CSDN

点这里下载！ #1 先把需要用到的软件还有数据库下载好 首先是软件。当然是要用最新的啦，跟上时代。 GATK4.0 picard2.17.4 bwa0.7.17 然后是数据库。 用的是GATK提供的hg19。 地址在这：点击进入 #2 把软件都加到环境中，或者在shell脚本中设定好 像这样。 可以用 ascp 快速的来下载sra 文件，也可以用 wget 或 curl 等传统命令从FTP 判断批量下载的sra 文件时，区分那些是PE 的那些是SE 的文件，可以用以下脚本 ：. 然后从SRR_Acc_List.txt 文件中拿到id 号并用sra-tools 的prefetch 命令下载sra 解释一下上面的脚本，首先通过fasterq-dump 将sra 转成fastq格式， -e 16 指的是  2020年12月15日 该工具的 prefetch 可以方便我们对于sra 文件进行批量下载。 cd raw # 关键是 知道自己aspc 所在的位置 # 新建dl.sh脚本，运行如下代码  2020年6月7日 一般来说，EBI的sra文件前面的地址也都是一样的vol1/fastq/，那么写脚本批量 下载也就不难了！ 我的代码：. 1 2 3. nohup ascp -QT -l 300m -  2020年10月24日 下载公共测序数据，一般是通过搜索数据的SRA号，然后使用prefetch下载数据， 脚本，enaBrowserTools是基于python3的与ENA web services接口的套件， 如果使用Aspera下载数据，则需要配置aspera_settings.ini文件  2016年8月9日 需要自己看SRA里面的数据记录，上面的脚本不难写出，然后因为是Illumina的 很容易就下载了8个测序文件，每个样本的数据大小，测序量如下.

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昨天安排学徒分享了我们全国巡讲的生信爆款入门课，大家关于下载fastq测序数据 最常见的问题，就是ncbi的sra数据库访问慢，学徒写了一个shell脚本批量从ebi数据库下载，然后被吐槽比较难懂，而且不智能。 总共10Gb的数据量下载起来还是需要挺长时间的。2017/10/14 Sat.晚8点小结：对知识点： GEO、SRA数据库， 简单的循环脚本 做了进一步的熟悉。仍然存在的问题就是这些SRA数据包括的数据具体是什么，是如何设计实验方案的。 Windows ncbi转录组数据下载 2.2 下载 SRA 格式文件¶. 如果你安装并设置了 Aspera Connect，那么 prefetch 会优先使用 ascp 方式来下载，如果没有安装或则 ascp 下载失败，则切换成 HTTP 方式下载 sra 数据。 May 21, 2019 · SRA数据库下载：首先记住，数据的存放地址是ftp.ncbi.nlm.nih.gov，SRA在Aspera的用户名是anonftp，下载举例： 如果我想下载SRR949627.sra文件，首先我需要找到地址，去ncbi faspftp，一层层寻找，直至找到，然后复制链接地址，就可以开始下载了： 脚本所用到的参考基因组可以从hisat2官网下载，参考基因组注释文件可以从gencode数据库下载 脚本如下 #!/bin/bash#把sra文件都存放在Sra文件夹里面#参考基因组和注释文件都在hg19文件夹里面#qiujunhui 1801963472@qq.commkdir Fastq_out #创建一个存放SRA-toolkit解压sra文件的输出

下载和使用NCBI的SRA数据- 以致宏大，以致高远- C++博客

为什么构建这样的脚本，是因为我非常熟悉SRA数据库，以及里面的各种 看样子根据构造的ftp链接下载sra文件的方法可能要过时了，wget本来  可以用 ascp 快速的来下载sra 文件，也可以用 wget 或 curl 等传统命令从FTP 判断批量下载的sra 文件时，区分那些是PE 的那些是SE 的文件，可以用以下脚本：.

如何在NCBI下载SRA文件？ - 简书

下载sra toolkit。首先在你的linux机器home目录下创建软件的文件夹，最好要用的软件都放在这里。mkdir Biosoft，然后可以参考我的shell脚本，保存成001.sh,直接使用sh 001.sh运行：

本系列课程学习的文章是：AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034 SRA数据一键下载. 从SRA下载数据，需要首先下载.sra格式的文件，然后再通过pfastq-dump(并行封装的fastq-dump)将.sra文件转换为fastq文件。由于不能直接拿到fastq原始数据，还要经过二次转换，这就是我为何在这个版本中将默认的SRA下载源修改成了ENA。 perl ASCPsra.pl -s SRA

2017年12月23日 一般来说，NCBI的sra文件前面的地址都是一样的 /sra/sra-instant/reads/ByRun/sra /SRR/ ，那么写脚本批量下载也就不难了！ ENA数据库下载：  2014年4月6日 配置好之后，使用BLAST+自带的update_blastdb.pl脚本下载nr和nt等库文件（不 建议下载序列文件，一是因为后者文件更大，二是因为可以从库  2018年7月18日 简介SRA数据库是美国国立卫生研究院（NIH）的高通量测序数据的主要归档，是 国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的 首先去NCBI里面搜索并找到你想要的 数据的SRA地址，然后写脚本批量下载。 然后解压*.sra文件.

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